โบสถ์น้อย
โบสถ์น้อยสันนิษฐานว่าเป็นโบสถ์เก่าหลังแรกของวัดแห่งนี้ ตั้งอยู่หน้าพระปรางค์ มีความเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ปลายรัชสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรี กล่าวกันว่า สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จมาประทับ ณ โบสถ์นี้เมื่อวันอาทิตย์ เดือน 4 แรม 12 ค่ำ ปีฉลู ตรงกับวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2324 และได้ประทับเจริญวิปัสสนากรรมฐาน บนพระแท่นพระที่นั่งที่ทำด้วยไม้กระดานขนาดใหญ่แผ่นเดียวกว้าง 17 นิ้ว ยาว 120 นิ้ว ด้วยเหตุที่บนพระแท่นมีที่บรรทมที่มาจากที่อื่นมาตั้งซ้อนอยู่ คนมักเข้าใจผิดว่าเป็นพระแท่นบรรทม แต่แท้จริงแล้วเป็นพระแท่นที่พระองค์ใช้ประทับเจริญวิปัสสนากรรมฐาน เชื่อกันว่าหากใครได้ลอดใต้พระแท่นพระที่นั่งนี้จะล้างอาถรรพ์ แก้คุณไสยหรืออำนาจลึกลับ ตลอดจนยังเสริมดวงและบารมี
นอกเหนือจากการลอดใต้พระแท่นแล้ว ผู้คนยังนิยมมากราบไหว้พระบรมรูปหล่อของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี เพื่อขอพรให้หน้าที่การงานเจริญรุ่งเรือง ขอยศตำแหน่ง ทางด้านใต้พระแท่นยังมีศาลสถิตดวงพระวิญญาณของพระองค์ที่สร้างขึ้นพร้อมกันกับพระบรมรูปหล่อ คือประมาณ พ.ศ. 2489
ภายในโบสถ์น้อย มีฐานชุกชีโบราณเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปจำนวนถึง 29 องค์ เป็นพระพุทธรูปปางนั่งบ้าง ปางยืนบ้าง พระประธานในโบสถ์น้อยแห่งนี้ ได้แก่ หลวงพ่อรุ่งมงคล เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นโบราณปางมารวิชัยลงรักปิดทอง
การสักการะบูชาภายในโบสถ์น้อย เริ่มจากการจุดธูปเทียนบูชาด้านนอกหน้าโบสถ์ นำดอกบัวไปกราบบูชาหลวงพ่อรุ่งมงคล แล้วจึงมาสักการะพระบรมรูปหล่อและศาลสถิตดวงพระวิญญาณสมเด็จพระเจ้าพระเจ้ากรุงธนบุรี ถวายพวงมาลัยดอกดาวเรือง และสวดคาถาบูชา บอก ชื่อ-นามสกุล ของตน เรื่องที่จะขอพร มักจะเป็นเรื่องเกี่ยวกับลาภ ยศ ชื่อเสียง และความสำเร็จ การกราบพระองค์ให้กราบครั้งเดียวไม่แบมือ หลังจากนั้นให้เดินไปด้านหน้าพระแท่น อธิษฐานขอพรในเรื่องที่ต้องการ แล้วจึงเริ่มคลานลอดไปใต้พระแท่นไปออกอีกฝั่ง
คาถาบูชาพระบรมรูปหล่อของพระเจ้ากรุงธนบุรี : นะโม ตัสสะ ภะคะวะโต อะระหะโต สัมมาสัมพุทธัสสะ (๓ จบ)
โอม สิโน ราชาเทวะ ชะยะตุภะวัง สัพพะศัตรู วินาสสันติ
หากได้สมปรารถนาตามพรที่อธิษฐาน ให้กลับมาถวายผลไม้ 9 ชนิด หรือ 5 อย่างตามแต่สะดวก บางคนก็ถวายมะขามเปียก เหล้าขาว เกลือเม็ด หมากพลู
วิหารน้อย
วิหารน้อยอยู่คู่กับโบสถ์น้อยหน้าพระปรางค์ สันนิษฐานว่ามีมาแต่เดิมตั้งแต่สมัยอยุธยา เชื่อกันว่า พระวิหารน้อยแห่งนี้เคยเป็นที่ประดิษฐานขององค์พระแก้วมรกตในสมัยกรุงธนบุรีอยู่ราว 5 ปี เมื่อครั้งที่ได้อัญเชิญมาจากเวียงจันทน์ ทำให้ชาวบ้านเรียกวิหารน้อยว่า โรงพระแก้ว สมัยรัชกาลที่ 5 เรียกวิหารนี้ว่า “วิหารพระแก้ว” แต่ชาวบ้านเรียกเพี้ยนเป็น “วิหารพระเขี้ยวแก้ว”
ภายหลังเมื่อได้มีการอัญเชิญย้ายพระแก้วมรกตไปประดิษฐานที่วัดพระศรีรัตนศาสดารามในพระบรมมหาราชวัง จีงได้มีการสร้างพระเจดีย์มหาจุฬามณีขึ้นมาเพื่อบูชาแทน พระเจดีย์มหาจุฬามณีนั้นเป็นเจดีย์ทรงย่อมุมไม้สิบสอง ภายในบรรจุพระทันตธาตุ (ฟัน) และพระเกศา (ผม) ของพระพุทธเจ้า รอบองค์พระจุฬามณีเจดีย์มีรูปปั้นท้าวจตุโลกบาลทั้ง 4 รายล้อมพระเจดีย์อยู่ทั้ง 4 มุม ทรงเครื่องทรงเป็นโลหะที่หล่อขึ้นการได้มาสักการะนมัสการพระเจดีย์มหาจุฬามณีช่วยให้ชีวิตมีแต่ความสุข ความเจริญ เป็นสิริมงคลกับชีวิต
คาถาบูชาพระธาตุ : นะโม ตัสสะ ภะคะวะโต อะระหะโต สัมมาสัมพุทธัสสะ (๓ จบ)
อะหัง วันทามิ อิธะ ปะติฏฐิตา
พุทธะธาตุโย ตัสสานุภาเวนะ สะทา โสตถี ภะวันตุเม
ความหมาย: ข้าพเจ้าขอนมัสการกราบไหว้ พระบรมสารีริกธาตุแห่งองค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ที่ประดิษฐานอยู่ ณ ที่นี้ ด้วยอานุภาพแห่งกุศลผลบุญนี้ ขอให้ข้าพเจ้าประสบแต่ความสุขสวัสดี ตลอดกาลทุกเมื่อเทอญ
กิจกรรม : นอกจากนี้พื้นที่กลางแจ้งนอกวิหารน้อย ยังเป็นพื้นที่ที่ทางวัดอรุณฯ ใช้ประกอบพิธีปลุกเสกน้ำพระพุทธมนต์จันทร์เพ็ญปีละ 1 ครั้ง ในวันเพ็ญขึ้น 15 ค่ำเดือน 12 โดยพิธีนี้การปฏิบัติสืบต่อกันมาแต่โบราณตั้งแต่สมัยสมเด็จพระสังฆราช (แพ) นำมารื้อฟื้นขึ้นใหม่ในปี 2563 พิธีปลุกเสกน้ำพระพุทธมนต์จันทร์เพ็ญจะเริ่มขึ้นในราว 20.00 น ในคืนพระจันทร์เต็มดวงซึ่งเป็นคืนที่ทางวัดจัดงานลอยกระทงอย่างยิ่งใหญ่มีการนำโอ่งเซี่ยงไฮ้โบราณประจำพระอารามมาใช้ในการบรรจุน้ำพระพุทธมนต์ พิธีปลุกเสกน้ำพระพุทธมนต์จันทร์เพ็ญ เชื่อกันว่าผู้ใดได้อาบน้ำมนต์จันทร์เพ็ญจะขจัดปัดเป่าสิ่งอัปมงคล เสริมดวงชะตา ให้เป็นเมตตามหานิยม บังเกิดโชคลาภ ผู้คนที่สนใจเข้าร่วมพิธีอาบแสงจันทร์ในวันเพ็ญ สามารถติดต่อสอบถามได้ที่หมายเลข โทร.093-5153222